UNESCO triển khai các hoạt động của mình trên các lĩnh vực chuyên môn sau: Giáo dục, Khoa học tự nhiên, Khoa học Xã hội và Nhân văn, Văn hoá, Thông tin và Truyền thông. Các lĩnh vực chuyên môn chính và các lĩnh vực chuyên sâu do các vụ, các phòng ban chuyên môn của Ban Thư ký của UNESCO phụ trách. Cấu trúc và mối quan hệ giữa các lĩnh vực chuyên sâu và các chuyên đề cụ thể được sắp xếp hệ thống như sau:

1. Giáo dục:

- Quyền được học tập

- Các kế hoạch và các chính sách về giáo dục

- Trẻ em độ tuổi ấu thơ và gia đình

- Giáo dục tiểu học

- Giáo dục trung học

- Giáo dục cao đẳng

- Giáo dục chuyên nghiệp và dạy nghề

- Giáo dục khoa học và công nghệ

- Giáo dục phi chính quy

- Giáo dục kỹ năng

- Giáo dục sức khoẻ nhà trường và giáo dục HIV/AIDS

- Tính đa dạng văn hoá và ngôn ngữ trong giáo dục

- Giáo dục sư phạm

- Giáo dục trong hoàn cảnh nguy cấp, khủng hoảng và tái thiết

- Giáo dục thể chất và thể thao

- Giáo dục về hoà bình và nhân quyền

- Giáo dục phi bạo lực

2. Khoa học tự nhiên:

- Khoa học về nước sạch

- Nghiên cứu về vấn đề con người, tính đa dạng sinh học và sinh thái học

- Hải dương học

- Khoa học về trái đất

- Khoa học cơ bản và khoa học chế tạo

- Khoa học về các vùng ven biển và các đảo nhỏ

- Chính sách khoa học

- Khoa học về thiên tai

- Vấn đề phụ nữ và khoa học

- Nghiên cứu về hệ thống tri thức bản địa

3. Khoa học Xã hội và Nhân văn:

- Mỹ học

- Nhân quyền

- Triết học

- Vấn đề giải quyết tận gốc rễ sự đói nghèo

- Tương lai học

- Khoa học nghiên cứu về biến đổi xã hội

4. Văn hoá:

- Di sản thế giới

- Di sản vật thể

- Di sản phi vật thể

- Tính đa dạng văn hoá

- Hành vi chuẩn mực

- Đối thoại giữa các nền văn hoá

- Văn hoá và phát triển

- Nền công nghiệp văn hoá

- Nghệ thuật và sáng tạo

- Quyền tác giả

- Bảo tàng

- Du lịch văn hoá

- Tiêu điểm đặc biệt

5. Thông tin và truyền thông:

- Sự truy cập thông tin

- Sức chứa thông tin và tạo dựng thông tin

- Phát triển nội dung thông tin

- Tự do biểu cảm

- Phát triển phương tiện thông tin đại chúng

- Bảo quản thông tin

Các chủ đề đặc biệt trong các chương trình hành động của UNESCO

- Chủ đề giới tính

- Chủ đề thanh niên

- Ưu thế của Châu Phi

- Các nước chậm phát triển

- Văn hoá vì hoà bình

- Đối thoại giữa các nền văn minh

Các chủ đề mang tính nóng hổi mà UNESCO quan tâm:

- Loại bỏ sự đói nghèo, đặc biệt là đối với tình trạng bần cùng hoá.

- Sự đóng góp của công nghệ thông tin và truyền thông đối với lĩnh vực giáo dục, khoa học, văn hoá và truyền thông và việc xây dựng một xã hội tri thức.

Các lĩnh vực ưu tiên đặc biệt của UNESCO

- Giáo dục cơ bản cho tất cả mọi người

- Nước và hệ thống sinh thái liên hợp

- Ủng hộ vấn đề tính đa dạng văn hoá song song với việc nhấn mạnh đặc biệt vấn đề di sản vật thể và phi vật thể.

- Trao quyền hành động cho con người thông qua hệ thống thu nhận thông tin và kiến thức song song với việc nhấn mạnh về quyền tự do biểu cảm.

Những chủ đề đặc biệt khác được UNESCO quan tâm:

- HIV/AIDS

- Phát triển bền vững

- Dân tộc bản địa

- Các đảo nhỏ

- Sóng thần ở Ấn Độ Dương